Als Neven Subotic eineinhalb Jahre alt war, haben seine Eltern entschieden vor dem Bürgerkrieg in Bosnien zu fliehen und nach Deutschland zu kommen. Er wuchs ab 1989 in einem kleinen Dorf im Schwarzwald auf.
Zehn Jahre später wurde die Familie aus Deutschland abgeschoben. Für Subotic war dies sehr schwer zu verstehen, da er eine starke Verbundenheit zu Deutschland, seinen Freunden und auch zu seiner Fußballmannschaft empfand. Um der Abschiebung nach Bosnien zu entgehen, zog die Familie 1999 in die USA. Der erneute Heimwechsel war für Subotic eine sehr schwere Phase im Leben. Nachdem er 2005 die amerikanische Staatsbürgerschaft angenommen hatte, entschied er sich für eine Rückkehr als Profifußballer nach Deutschland.
2013 gründete der Fußballprofi die Neven Subotic Stiftung, die sich dafür einsetzt, Kindern in den ärmsten Regionen der Welt eine bessere Zukunft zu ermöglichen. Die Motivation für die Gründung der Stiftung hat mit den in Deutschland erfahrenen Hilfeleistungen nach der Flucht aus Bosnien zu tun.